Las colmenillas son una seta muy apreciada y de precio elevado, por eso su limpieza debe ser escrupulosa y precisa. Nunca hemos de sumergirlas en agua para su limpieza. Con ayuda de un cuchillo pequeño afilado, eliminamos la tierra o la arena adherida a su base, sin llevarnos demasiada parte carnosa. Con una puntilla afilada retiramos todas las pequeñas hojas pegadas o ramitas y seccionamos todas las esquinas o partes que veamos que puedan estar podridas o comidas por gusanos o animales.
Hay algunos a los que les gusta separar los tallos de los sombreros. Guisan estas últimas y los tallos los utilizan para hacer caldos o picaditos, usarlos para hacer rellenos. Nosotros aconsejamos utilizar las colmenillas enteras, sin separar.
Si vemos que la seta trae mucha tierra, entonces las limpiamos con agua, pero rápidamente, para que no se empapen y absorban mucha.
A partir de aquí, seguiremos las instrucciones indicadas en las recetas en las que las utilicemos.
La limpieza de las colmenillas secas o deshidratadas se hace en el momento que las dejamos a remojo en agua. Este remojo deberá de ser de unas tres horas, en agua fría. Las escurrimos con las manos y colamos el caldo de remojo, que se podrá usar para cocinarlas posteriormente, debido a que se tiñe de oscuro y coje mucho sabor.